По сравнению с заиленными песками и илами Баргузинской платформы, характер фауны здесь совсем иной. Как и всюду, преобладающее место принадлежит олигохетам, но это преобладание здесь далеко не так резко, как на других мягких грунтах; зато очень сильно поднимается удельный вес моллюсков, по биомассе почти выравнивающихся с олигохетами. Ни на каком другом грунте, за исключением опять же камней, мы не наблюдаем такого богатства моллюсков; они здесь представлены почти в 20 раз богаче, чем на заиленных песках Баргузинской платформы и в 60 раз богаче, чем на илах с.-в. части залива. Наоборот, гаммариды, несмотря на относительное обилие, представлены здесь, по сравнению с олигохетами и моллюсками, более слабо. Очень богато представлены личинки ручейников, удельный вес которых достигает 0% общей биомассы.

В некоторых губах юго-восточного берега мы находим на небольших, глубинах, у берегов, в более защищенных от прибоя местах, заросли кубышки и других водных растений, богато заселенные жизнью, привлекающие сюда соровых рыб, главным образом сорогу, окуня и других. Детальных исследований этих зарослей, в общем, очень редко и небольшими участками встречающихся в губах Баргузинского залива, произведено не было.